Il Centro Lontra fu fondato nel 1989 dal Corpo Forestale dello Stato, in cooperazione con altri gruppi di ricerca italiani ed europei, con l'obiettivo di promuovere azioni volte alla protezione della specie Lutra lutra seguendo specifiche linee guida. In Italia la specie è una delle più a rischio e questo posto è stato scelto perchè, tra i fiume Orta e Orfento, era presente una piccola popolazione di lontre selvatiche, testimonianza dell'elevata qualità naturale di questi corsi d'acqua. Il centro cominciò a lavorare principalmente per il ripopolamento e successivamente per una possibile reintroduzione delle lontre allevate nell'ambiente naturale. Per questo scopo, dall'inizio, gli animali sono stati allevati in un modo che ha consentito loro il mantenimento di uno stato naturale e, per quanto possibile, selvatico, evitando il più possibile il contatto con l'uomo.

Tuttavia, dopo accurate analisi genetiche, si è arrivati alla conclusione che le lontre allevate non possono essere reintrodotte in quanto non compatibili geneticamente con le popolazioni selvatiche ancora presenti nel sud Italia. Gli obiettivi primari del centro sono perciò cambiati ed ora si lavora principalmente per la protezione della specie attraverso ricerche sugli animali allevati, che devono pertanto mantenere uno stato semiselvatico, e programmi di educazione per le scuole ed i visitatori.